神兽阵容的搭配是通关和对战的核心策略之一。三大经典神兽火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟的位置非常明确：火焰鸟在1号岛的灯火山顶，闪电鸟藏在无人发电厂最深处，而急冻鸟需要前往双子岛推石头堵住瀑布才能见到。超梦则躲在华蓝洞窟最底层，捕捉时需要携带会冲浪和攀瀑技能的精灵。这些神兽不仅属性强大，技能覆盖面广，还能在战斗中发挥关键作用。
火焰鸟作为火系神兽，拥有高特攻和速度，适合作为队伍的主力输出。其技能组合可以覆盖草、冰、虫、钢等属性，搭配日光束还能弥补对水系的弱点。闪电鸟的电/飞行双属性使其在速度和特攻上占据优势，雷电和飞空的组合能有效压制水系和飞行系对手。急冻鸟的冰/飞行属性虽然防御较弱，但冰冻光束和暴风雪的控场能力极强，尤其在面对龙系和地面系时表现突出。
超梦是游戏中最强的超能力系神兽，特攻和速度均属顶尖水平。其技能池深度足够，精神强念、阴影球、冰冻光束等招式可以针对多种属性。搭配冥想强化后，超梦的破坏力更是无人能挡。盖欧卡和洛奇亚也是后期可选的强力神兽，前者擅长水系AOE输出，后者则凭借高耐久和多属性抗性成为团队盾牌。
对于追求平衡的阵容，推荐以闪电鸟为核心，搭配火焰鸟和急冻鸟形成属性互补。超梦作为超能系主力，盖欧卡或水箭龟提供水系支持，最后补位可选择化石翼龙或卡比兽增强物理输出或防御。这种组合能应对大多数道馆战和冠军之路的挑战。若偏好速攻，则可用喷火龙替换火焰鸟，利用其高物攻和飞行属性扩大打击面。
后期获取的传说宝可梦如凤王和洛奇亚同样值得培养。凤王的火/飞行属性与神圣火焰技能具备极强的爆发力，而洛奇亚的耐久与多属性抗性使其成为持久战的好手。需神兽等级较高且捕捉难度大，建议提前准备足够的高级球和状态异常道具。利用战斗探测器在灯火山反复刷经验，能快速提升队伍等级以应对最终战。
神兽阵容的构建需兼顾属性克制、技能覆盖和团队协作。合理分配输出与防御角色，并根据对手调整战术，才能最大限度发挥传说宝可梦的潜力。游戏后期还可通过船票前往七岛捕获更多稀有精灵，进一步丰富战术选择。
