技能升级是提升角色战斗力的核心途径之一。技能升级主要通过消耗技能点和特定技能书完成，技能点可通过完成任务、参与活动或击败敌人获取，而技能书则需通过商店购买或合成低级技能概率获得。升级时需注意合理分配技能点，优先强化与角色定位匹配的核心技能，例如攻击型角色侧重输出技能，辅助型角色则强化控制或治疗技能。技能星级提升需收集同名忍者碎片，碎片可通过副本、活动或积分商城兑换获取，高星级技能不仅增强基础属性，还可能解锁额外效果。
技能升级的另一个关键环节是研究技能机制。每个技能拥有独特的冷却时间、伤害倍率或附加效果，例如宇智波佐助的千鸟具备穿透特性，而漩涡鸣人的螺旋丸则偏向范围爆发。玩家需结合实战需求调整升级顺序，例如优先缩短核心技能的冷却时间或提升控制技能的持续时间。部分技能存在羁绊效果，当特定角色组队时可激活额外加成，因此在技能升级前需综合考虑队伍搭配，避免资源浪费。
日常任务和丰饶之间的历练关卡是稳定获取经验值与技能点的途径，建议每日清空体力以最大化收益。小队突袭副本在特定活动期间提供忍玉和声望奖励，可用于兑换高级技能书或通灵兽材料，而生存挑战和积分赛则适合中后期玩家积累稀有资源。需注意活跃礼包和副本奖励的领取时机，建议在体力消耗完毕后再领取，以确保奖励随角色等级提升而增长。
装备强化、勾玉镶嵌和通灵兽培养均能间接提升技能效果，例如装备武器可增加技能伤害，而通灵兽蛤蟆仙人能提供攻击力增益。卷轴系统允许玩家为技能附加额外效果，如霸体状态或范围扩大，需根据战斗场景灵活调整。长期玩家应关注版本更新，部分活动会限时开放技能书双倍掉落或折扣合成，可大幅降低养成成本。
