精灵的分布位置是玩家探索的重要目标。急冻鸟藏在双子岛最深处，需要将岩石推入洞中抵挡湍急水流才能遇到。闪电鸟位于无人发电厂内部最深区域，而火焰鸟则栖息在火焰山的山顶。超梦作为经典神兽，居住在家族山洞的最深处，需要通关后才能挑战。梦幻则隐藏在红莲岛边上的特殊房屋内，该楼层需要密匙才能进入。
路基亚出现在第三个岛屿右侧的草丛中，玩家在捕捉土龙时可能偶遇。凤凰位于1号岛下方的草丛区域，雪拉比则在3号岛左侧的森林深处。雷兽岩神柱隐蔽在1号岛附近的草地，土雷兽冰神柱分布于双子岛，天雷兽钢神柱靠近发电站区域。木皮怪红水督的栖息地在7号岛最下方的海域，这些稀有精灵因自身特性而分布在特定环境。
水系精灵的分布具有明显的地域特征。杰尼龟作为初始精灵需从博士处获得，而可达鸭出现在海域中。蚊香蝌蚪需要用钓竿在普通水域垂钓，水母则广泛分布于各种水域环境。小海狮主要栖息在双子岛周边，大舌贝在21号道路的多个岛屿都能发现。墨海马和角金鱼都属于海洋生物，需要在特定海域寻找，海星星则是叶绿版专属精灵。
鲤鱼王在所有水域都能钓到，但必须使用低级钓竿起步。暴鲤龙作为进化形态，要求使用高级钓竿才能捕获。卡比兽会阻挡道路，需要获得宝可梦笛子才能唤醒。伊布可以通过彩虹市大楼后门进入顶层获取，而化石精灵如菊石兽和化石盔需要在月见山深处二选一。游戏中的技能机分布也影响精灵培养方向，如精神干扰在游戏厅兑换，钢铁尾巴通过特定方式获得。
探索过程中需要注意地形和道具的配合使用。常磐森林深处可能出现皮卡丘，岩山隧道需要闪光技能照明。圣安奴号游轮藏着重要道具，枯叶市道馆的机关需要调查特定垃圾桶。紫苑镇的宝可梦塔是幽灵系精灵的主要出现地，而华蓝洞窟等后期区域则栖息着更高等级的精灵。合理规划路线可以提升捕捉效率，不同时间段出现的精灵种类也可能存在差异。
精灵的分布规律与游戏区域特性高度契合。山地环境多出现岩石系和地面系，森林聚集虫系和草系，水域自然是水系精灵的栖息地。特殊神兽往往隐藏在需要解谜或特定道具才能到达的隐秘地点。掌握这些分布规律后，玩家可以更有针对性地组建自己的精灵队伍，为挑战道馆和联盟做好准备。游戏中的隐藏区域和支线任务也常常与稀有精灵的出现位置相关联，全面探索是完成全图鉴的关键。
